A pesar de la notable importancia del Pantanal para la conservación de las aves acuáticas, el estado de sus poblaciones, los patrones espaciotemporales de distribución, uso del hábitat y la estructura de las comunidades son poco conocidos. Por lo tanto, estudiamos tres ambientes acuáticos (río Negro, bahías y salinas) entre 2007 y 2009 en el Pantanal de Nhecolândia para verificar la distribución y composición de las aves acuáticas, así como la influencia estacional significativa en estos aspectos. Adoptamos el método de transectos (288 horas de muestreo) y registramos 135 especies (7.834 individuos). El río Negro mostró la mayor diversidad, mientras que las salinas la menor. La similitud de las comunidades de aves acuáticas fue mayor entre bahías y salinas, seguidas por el río Negro y las bahías, y menor entre las salinas y el río Negro. La equidistribución es más variable en las salinas y más estable en el río Negro. Los ambientes difieren significativamente entre sí en la composición de las aves acuáticas en el espacio (uso y distribución del hábitat) y el tiempo (fluctuaciones estacionales del agua). La diversidad de la comunidad de aves en la estación seca varía significativamente en las salinas, seguidas por las bahías y con mayor estabilidad en el río Negro. El río Negro, a pesar de su gran amplitud anual de caudal, presenta mayor estabilidad estacional, ya que su vegetación riparia es continua (no aislada) y constante. Estos aspectos proporcionan mejores condiciones para permanecer durante todo el año, lo que contribuye a disminuir la tendencia nómada estacional de las aves acuáticas. Finalmente, todos estos datos brindan sólidos argumentos para la preservación de todas las fitofisonomías en la subregión de Nhecolândia del Pantanal, con especial atención a las salinas, ampliamente utilizadas por numerosas bandadas de aves acuáticas (principalmente en la estación seca) y a las especies migratorias o raras restringidas a este hábitat.