La flora bacteriana del moco epidérmico de los peces está estrechamente asociada con la salud del huésped y la susceptibilidad a infecciones patógenas. En este estudio, analizamos las bacterias del moco epidérmico de la trucha arcoíris criadas en acuicultura de flujo continuo bajo perturbaciones ambientales. Durante aproximadamente 2 años, se analizaron las bacterias presentes en el moco de la piel y en el agua basándose en las secuencias de 16S rDNA. La composición de la comunidad bacteriana del moco mostró fluctuaciones mensuales significativas, con cambios frecuentes en las especies bacterianas dominantes. El análisis de la beta y alfa diversidad de la flora bacteriana del moco mostró que las fluctuaciones en la composición de la flora fueron causadas por los géneros y algunas especies de en el moco fueron identificadas como bacterias antimicrobianas. El examen de las bacterias antimicrobianas en el acuario de laboratorio mostró que la presencia natural de bacterias antimicrobianas en el moco y el agua, o la adición intencionada de las mismas al agua de cría, causaron una transición en la composición de la comunidad bacteriana del moco. Estos resultados demuestran que las bacterias antimicrobianas específicas en el agua o en el moco epidérmico constituyen una de las causas de los cambios en la microflora del moco epidérmico de los peces.