Enfoque de Sistemas Integrados Revela la Disregulación de la Vía de Metabolismo de Esfingolípidos en Asociación con la Enfermedad de Alzheimer de Inicio Tardío
Autores: Malamon, John Stephen; Kriete, Andres
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2018
Acceso abierto
Artículo científico
2018
Enfoque de Sistemas Integrados Revela la Disregulación de la Vía de Metabolismo de Esfingolípidos en Asociación con la Enfermedad de Alzheimer de Inicio Tardío
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Enfermedad de Alzheimer
Edad
Biología de sistemas
Secuenciación de nueva generación
Metabolismo de esfingolípidos
Análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
La enfermedad de Alzheimer de inicio tardío (LOAD) y la edad están significativamente correlacionadas, de tal manera que un tercio de los estadounidenses mayores de 85 años se ven afectados. Hemos diseñado e implementado un estudio piloto que combina enfoques de biología de sistemas con técnicas tradicionales de análisis de secuenciación de nueva generación (NGS) para identificar vías regulatorias relevantes, inferir relaciones funcionales y confirmar la disfunción de estas vías biológicas en LOAD. Nuestro diseño de estudio es un enfoque de sistemas muy completo que combina modelado de redes de coexpresión derivadas de datos de RNA-seq, estándares rigurosos de control de calidad (QC), ontología funcional y loci de rasgo cuantitativo de expresión (eQTL) derivados de datos de genotipado de variantes de nucleótido único (SNV) de exoma completo (WES). Nuestros resultados iniciales revelan varios genes biológicamente relevantes y estadísticamente significativos involucrados en el metabolismo de esfingolípidos. Para validar estos hallazgos, realizamos un análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (GSEA). El GSEA reveló la vía del metabolismo de esfingolípidos y la regulación de la autofagia en asociación con casos de LOAD. En la ejecución de este estudio, hemos probado con éxito un enfoque integrador para identificar tanto nuevos como conocidos impulsores de LOAD con el fin de desarrollar una imagen más amplia y detallada del paisaje transcripcional y regulatorio altamente complejo de la demencia relacionada con la edad.
Descripción
La enfermedad de Alzheimer de inicio tardío (LOAD) y la edad están significativamente correlacionadas, de tal manera que un tercio de los estadounidenses mayores de 85 años se ven afectados. Hemos diseñado e implementado un estudio piloto que combina enfoques de biología de sistemas con técnicas tradicionales de análisis de secuenciación de nueva generación (NGS) para identificar vías regulatorias relevantes, inferir relaciones funcionales y confirmar la disfunción de estas vías biológicas en LOAD. Nuestro diseño de estudio es un enfoque de sistemas muy completo que combina modelado de redes de coexpresión derivadas de datos de RNA-seq, estándares rigurosos de control de calidad (QC), ontología funcional y loci de rasgo cuantitativo de expresión (eQTL) derivados de datos de genotipado de variantes de nucleótido único (SNV) de exoma completo (WES). Nuestros resultados iniciales revelan varios genes biológicamente relevantes y estadísticamente significativos involucrados en el metabolismo de esfingolípidos. Para validar estos hallazgos, realizamos un análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (GSEA). El GSEA reveló la vía del metabolismo de esfingolípidos y la regulación de la autofagia en asociación con casos de LOAD. En la ejecución de este estudio, hemos probado con éxito un enfoque integrador para identificar tanto nuevos como conocidos impulsores de LOAD con el fin de desarrollar una imagen más amplia y detallada del paisaje transcripcional y regulatorio altamente complejo de la demencia relacionada con la edad.