El muestreo de microalgas bentónicas en sistemas lóticos se realiza utilizando sustrato artificial o natural. El sustrato natural es más adecuado para las estimaciones de biomasa y productividad, así como para la evaluación de la biodiversidad, ya que contiene las comunidades típicas del entorno. Presentamos un nuevo dispositivo para el muestreo de microalgas epilíticas (GEMS) que permite el muestreo in situ cuando es imposible retirar el sustrato del lecho del río. El muestreador consiste en una caja acrílica con una abertura de 25 cm de diámetro en su base que permite el acceso al sustrato. Este dispositivo se puede utilizar en arroyos de lecho rocoso de poca profundidad y mantiene el área de muestreo aislada al máximo, minimizando las pérdidas y la contaminación. Además, es fácil de construir y manejar.