Los avances en tecnologías relacionadas con células individuales han abierto nuevas posibilidades para analizar células raras, como las células tumorales circulantes (CTCs) y las células inmunitarias raras. Entre estas técnicas, la proteómica de células individuales, en particular el análisis espectrométrico de masa de células individuales (scMS), ha ganado una atención significativa debido a su capacidad para medir directamente los transcritos sin necesidad de reactivos específicos. Sin embargo, el éxito de la proteómica de células individuales depende en gran medida de una preparación de muestra eficiente, ya que la pérdida de proteínas en muestras de baja concentración puede afectar profundamente el análisis. Para abordar este desafío, un sistema de manipulación efectivo para células raras es esencial para el análisis proteómico de células individuales. En este sentido, proponemos un método basado en microfluidos que ofrece un aislamiento, detección y recolección altamente eficientes de células raras (por ejemplo, CTCs). Se presenta el detallado proceso de fabricación del dispositivo microfluídico basado en una matriz de micropilares, junto con su aplicación para el aislamiento, identificación y recolección de CTCs para un posterior análisis proteómico.