Las mariposas son conocidas por sus hermosas alas y han sido grandes sistemas para comprender la ecología, evolución, genética y desarrollo de patrones y coloraciones. Estos patrones de color son mosaicos en el ala creados por la colocación de unidades individuales llamadas escamas, que se desarrollan a partir de células individuales. Tradicionalmente, la secuenciación masiva de ARN (RNA-seq) se ha utilizado ampliamente para identificar los loci involucrados en el desarrollo del color del ala y la formación de patrones. RNA-seq proporciona un panorama promedio de la expresión génica de todo el tejido alar o de pequeñas regiones alares disecadas bajo consideración. Sin embargo, para comprender los patrones de expresión génica de las unidades de color, que son las escamas, y para identificar diferentes tipos de células de escamas dentro de un ala que producen diferentes colores y estructuras de escamas, es necesario estudiar células individuales. Esto ha sido facilitado recientemente por la llegada de la secuenciación de células individuales. Aquí, proporcionamos un protocolo detallado para la disociación de células de alas de pupa para obtener una suspensión de células individuales viable para la secuenciación de células individuales. Esbozamos nuestro diseño experimental y el uso de la clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) para obtener células presuntamente constructoras de escamas y de zócalo basadas en tamaño. Finalmente, discutimos algunos de los desafíos actuales de esta técnica en el estudio del desarrollo de escamas de células individuales y sugerimos futuras vías para abordar estos desafíos.