(1) Antecedentes: La variabilidad de la frecuencia cardíaca de alta frecuencia (HF-HRV) es un ritmo ultradiano esencial que refleja la actividad del sistema nervioso parasimpático para desacelerar el corazón. Se desconoce cómo varía la HF-HRV a lo largo del ciclo menstrual (CM) y si la progesterona media esta posible variación. (2) Métodos: Inscribimos a 33 mujeres en el estudio para asistir a ocho visitas clínicas a lo largo del CM, durante las cuales medimos su HF-HRV en reposo y recolectamos muestras para el análisis de la hormona luteinizante (LH) y progesterona. Reajustamos los datos del estudio de acuerdo con el aumento de LH en suero a las subfases temprana folicular, media folicular, periovulatoria, temprana lútea, media lútea y tardía lútea. (3) Resultados: Las comparaciones por pares entre todas las subfases mostraron diferencias significativas entre las subfases temprana folicular y periovulatoria (beta = 0.9302;