La competencia, la depredación y las enfermedades son factores clave que moldean las comunidades animales. En las últimas décadas, los lagomorfos en Europa se han visto afectados por enfermedades transmitidas por virus que han causado descensos sustanciales en sus poblaciones y, posteriormente, en muchos de sus depredadores. Examinamos los patrones de actividad y uso del hábitat de los conejos europeos (Oryctolagus cuniculus L.) y las liebres ibéricas (Lepus granatensis R.) en el Parque Nacional de Doñana, España, (DNP) durante dos períodos de brote de enfermedades. En el primer período (1984-1985), los conteos de pellets fecales y los conteos en la carretera indicaron que las especies de lagomorfos estaban segregadas, con conejos en matorrales y liebres en marismas. Ambas especies también ocupaban ecotonos de juncos y helechos. Los conteos en la carretera al amanecer, al mediodía, al atardecer y a medianoche revelaron que conejos y liebres tenían los mismos patrones de actividad (crepusculares y nocturnos) en la zona de simpatría. Durante el segundo período (2005-2016), los conteos en la carretera mostraron que conejos y liebres eran principalmente nocturnos en matorrales y marismas fronterizas. Las liebres ocuparon matorrales; un hábitat que anteriormente solo era ocupado por conejos. Estos resultados se interpretan a la luz de la teoría de la competencia y la presión de depredación. El descenso de conejos causado por la enfermedad ha favorecido probablemente a las liebres que se trasladaron a los matorrales, un tipo de vegetación que anteriormente era ocupado exclusivamente por conejos. El descenso de conejos en el DNP también ha causado la casi desaparición de esta área del lince ibérico (Lynx pardinus), un especialista en conejos, lo que ha permitido que los depredadores generalistas aumenten. Los depredadores generalistas han aumentado posteriormente la presión de depredación sobre conejos y liebres, lo que les ha llevado a cambiar a una actividad nocturna.