Los lisosomas son los principales orgánulos responsables de la degradación de macromoléculas en células eucariotas. Más allá de su papel fundamental en la degradación, los lisosomas están involucrados en diferentes procesos fisiológicos como la autofagia, la detección de nutrientes y la señalización intracelular. En algunas circunstancias, las anomalías lisosomales subyacen a varias patologías humanas con diferentes etiologías conocidas como trastornos de almacenamiento lisosomal (LSD). Estos trastornos pueden resultar de deficiencias en enzimas lisosomales primarias, disfunción de activadores de enzimas lisosomales, alteraciones en modificadores que impactan la función lisosomal o cambios en proteínas asociadas a la membrana, entre otros factores. El fenotipo clínico observado en los pacientes afectados depende del tipo y la ubicación del sustrato acumulado, influenciado por mutaciones genéticas y la actividad enzimática residual. En este contexto, la comunidad científica se dedica a explorar enfoques terapéuticos potenciales, esforzándose no solo por extender la vida útil, sino también por mejorar la calidad de vida de las personas afectadas por LSD. Esta revisión proporciona información sobre la disfunción lisosomal desde una perspectiva molecular, particularmente en el contexto de enfermedades humanas, y destaca los avances y descubrimientos recientes en este campo.