Como un dispositivo crucial de selección de frecuencia en los sistemas de comunicación modernos, el filtro de microondas juega un papel cada vez más destacado. Existe una gran demanda de diseño multiobjetivo de filtros de microondas. El rendimiento del filtro afecta directamente la calidad de todo el sistema de comunicación. Sin embargo, el diseño de optimización electromagnética multiobjetivo tradicional requiere simulaciones EM repetitivas para ajustar los parámetros físicos de los filtros de microondas. Por lo tanto, utilizar la simulación electromagnética directamente para el diseño de optimización es bastante costoso. Dada esta situación, este documento aplica por primera vez un novedoso modelo sustituto basado en autoencoders convolucionales unidimensionales (1D-CAE) en el algoritmo multiobjetivo evolutivo basado en descomposición (MOEA/D). Este enfoque utiliza MOEA/D como optimizador multiobjetivo, y se construye un novedoso modelo sustituto de baja complejidad basado en autoencoders convolucionales unidimensionales (1D-CAE) para predecir los costosos resultados de simulación EM. El modelo sustituto basado en 1D-CAE se utiliza para generar los resultados de subproblemas escalares de MOEA/D, lo que mejora considerablemente la eficiencia del diseño. En comparación con los métodos de diseño tradicionales basados en un solucionador EM, este método no solo optimiza eficazmente múltiples objetivos de diseño, sino que también completa el diseño de filtros de microondas en menos tiempo. El método propuesto se verifica utilizando el diseño de un filtro cerámico de sexto orden y un filtro de cavidad de metal de séptimo orden.