La funcionalización in vivo de los frústulos de biosílica de diatomeas mediante manipulación genética requiere una cuidadosa consideración de la estructura y función general de las proteínas de fusión complejas. Aunque anteriormente habíamos transformado con construcciones que contenían un anticuerpo de dominio único (sdAb) generado contra la cepa Sterne, que detectaba un epítopo de la proteína de la capa superficial EA1 accesible en esporas lisadas, inicialmente no tuvimos éxito con construcciones que codificaban un sdAb similar que detectaba un epítopo de EA1 accesible en esporas intactas y células vegetativas. Esta discrepancia limitó la utilidad del sistema como un biosensor ambiental. Supusimos que para crear biosensores funcionales localizados en biosílica con ciertas construcciones, las funciones de localización de biosílica y tráfico de proteínas del péptido de localización de biosílica Sil3 debían desacoplarse. Descubrimos que mantener la secuencia de tráfico del RE en el N-terminal y reubicar el péptido de localización Sil3 en el C-terminal de la proteína de fusión resultó en la detección exitosa de EA1 con ambos sdAbs. La modelación por homología de la unión del antígeno por los dos sdAbs apoyó la hipótesis de que la recuperación de la unión del antígeno en el sdAb previamente disfuncional se debía a la eliminación de obstáculos estéricos entre los bucles de unión del antígeno y la biosílica de diatomeas para ese sdAb particular.