Este estudio tuvo como objetivo evaluar las discrepancias entre la asignación genética y visual del color del pelaje en el Caballo Sarcidano y elucidar posibles razones. Se utilizó ADN individual de 90 Caballos Sarcidano para la asignación genética del color del pelaje y explorar la correspondencia con las formas individuales que contienen rasgos fenotípicos. Se han genotipado y secuenciado el exón 1 y el exón 3 para obtener una imagen de la distribución del color del pelaje en esta raza. Sorprendentemente, al comparar los resultados genéticos con las formas individuales que reportan los datos fenotípicos de cada sujeto, surgió un cierto grado de no correspondencia entre los datos fenotípicos y genéticos en relación con el color del pelaje. A partir del análisis genético, los Castaños (58) resultaron ser el Caballo Sarcidano más común (58), seguidos por un número bastante grande de Negros (28) y un número muy pequeño de Alazanes (4), mientras que la distribución fenotípica resultó en 38 Castaños, 40 Alazanes, solo 2 Negros y 10 Grises (sin la posibilidad de reconocer el verdadero color que llevaban). El Castaño resultó ser un color de pelaje muy representativo, mientras que muchos caballos que se identificaron visualmente como Alazanes eran genéticamente Negros. Esta discrepancia, que podría deberse a una variedad de factores individuales y externos, incluyendo la edad, la época del año, la situación de vida y la condición dietética, sugiere la importancia de una identificación precisa del color del pelaje para asegurar un registro adecuado de las características y una predicción confiable del color del pelaje de la descendencia.