Objetivo: La cuenca del Descoberto fue estudiada como un sistema ecológico discontinuo a lo largo de un ciclo estacional (aproximadamente un año), en 13 sitios de muestreo.

Métodos: La conectividad se analizó en relación con las características ambientales y limnológicas a lo largo del río Descoberto, y se determinaron las variables que más influyeron en los diferentes sitios de muestreo.

Resultados: Los sitios K y L, ubicados respectivamente aguas arriba y aguas abajo de la desembocadura del río Melchior, fueron los que más difirieron en los parámetros físicos y químicos. Un análisis de componentes principales demostró que el sistema estuvo más influenciado espacialmente que temporalmente, con un 74,57 % de varianza acumulada explicada por los dos primeros ejes. Altos valores de cloruros, clorofila-a, DBO₅, fósforo total y carbono orgánico total, así como bajas concentraciones de oxígeno disuelto, separaron a los sitios L y M de los demás. El invierno y la primavera fueron las estaciones en las que la mayoría de los parámetros mostraron diferencias significativas entre los sitios.

Conclusiones: La construcción de la represa y la descarga de desechos actúan como factores de discontinuidad que afectan el sistema, principalmente en la región media y el tramo inferior, entre los sitios K y L. Además de la construcción del embalse, el río Melchior, un sistema extremadamente impactado, afecta al río Descoberto aguas abajo de su desembocadura. En la parte baja de la cuenca, especialmente aguas abajo del embalse Descoberto, ocurren cambios importantes en la calidad del agua, con incrementos significativos en las concentraciones de nutrientes, sólidos en suspensión, turbidez y clorofila-a, y por lo tanto, una disminución en la transparencia del agua.