La comprensión de la importancia de la microbiota intestinal en los caballos y los factores que influyen en su composición ha sido el foco de muchos estudios en los últimos años. Factores como la edad, la dieta, la administración de antibióticos y la ubicación geográfica pueden afectar la microbiota intestinal. La variabilidad intra e interindividual de la microbiota fecal en los caballos complica su interpretación y ha obstaculizado el establecimiento de una definición clara de disbiosis. Aunque no se ha identificado claramente una relación causal definitiva entre la disbiosis intestinal en los caballos y las enfermedades, investigaciones recientes sugieren que la disbiosis puede desempeñar un papel en la patogénesis de diversas condiciones, como la colitis y el asma. Los prebióticos, probióticos y el trasplante de microbiota fecal para modular el tracto gastrointestinal del caballo pueden considerarse eventualmente una herramienta valiosa para prevenir o tratar enfermedades, como la colitis inducida por antibióticos. Este artículo tiene como objetivo resumir el conocimiento actual sobre la importancia de la microbiota intestinal en los caballos y los factores que influyen en su composición, así como revisar la literatura publicada sobre métodos para detectar disbiosis mientras se discute la eficacia de la manipulación de la microbiota intestinal en los caballos.