Los reptiles conocidos como dinosaurios predominan en la cultura científica y popular, mientras que el interés en su genómica ha aumentado desde la década de 1990. Las aves (parte del grupo corona Reptilia) son dinosaurios terópodos vivos. No se pueden realizar ensamblajes de genomas a nivel de cromosomas a partir de material biológico extinto desde hace mucho tiempo, pero la organización del genoma de los dinosaurios se puede inferir a través de la genómica comparativa de especies extantes relacionadas. La mayoría de los reptiles, aparte de los cocodrilos, tienen tanto macro- como microcromosomas; la genómica comparativa que involucra citogenética molecular e bioinformática ha establecido relaciones cromosómicas entre muchas especies. La capacidad de los dinosaurios para sobrevivir a múltiples eventos de extinción está ahora bien establecida, y las aves tienen ahora más especies en comparación con cualquier otro vertebrado terrestre. Esto puede deberse, en parte, a sus características cariotípicas, incluyendo un cariotipo distintivo de alrededor de 40 (~10 macro y 30 microcromosomas). La similitud en la organización del genoma en especies distantes sugiere que el ancestro aviar común tenía un cariotipo similar al de, por ejemplo, el pollo/emú/pájaro cebra. La estrecha similitud cariotípica con la tortuga de caparazón blando (= 33) sugiere que este patrón básico se estableció principalmente antes de la divergencia Testudine-Arcosaurio, hace aproximadamente 255 millones de años. Es decir, los dinosaurios probablemente tenían cariotipos similares y su extensa variación fenotípica puede haber sido mediada por un aumento en la segregación aleatoria de cromosomas y la recombinación genética, que es inherentemente mayor en cariotipos con más y cromosomas más pequeños.