El aumento en el uso de clorantraniliprole y fludioxonil ha suscitado preocupaciones sobre sus residuos y el impacto en el microbioma del suelo, destacando un problema urgente que requiere atención. Este estudio investiga la dinámica de residuos de maíz después de los tratamientos con clorantraniliprole y fludioxonil, así como sus efectos en la actividad enzimática del suelo y la estructura de la comunidad microbiana. El análisis por cromatografía líquida de alta resolución-espectrometría de masas en tándem (HPLC-MS/MS) mostró una disminución significativa en los residuos de clorantraniliprole y fludioxonil en el suelo después de la aplicación combinada, especialmente con clorantraniliprole. Esta aplicación causó una reducción temporal en las actividades de ureasa y sucrasa. Además, la secuenciación de alto rendimiento del microbioma del suelo reveló una disminución en la abundancia relativa durante la aplicación de fludioxonil, mientras que aumentó. Adicionalmente, se observaron aumentos significativos después de la aplicación de clorantraniliprole. La aplicación combinada de clorantraniliprole y fludioxonil no solo disminuyó la población de microorganismos dañinos, sino que también redujo los niveles de residuos en el suelo en comparación con las aplicaciones individuales. Esto, en última instancia, mejoró la eficacia de las medidas de control y promovió la compatibilidad ambiental.