La transcriptómica de una sola célula se ha utilizado para el análisis de poblaciones celulares heterogéneas durante procesos de desarrollo y para el análisis de la heterogeneidad de células tumorales. Más recientemente, el análisis de la dinámica de pseudotiempos (PT) de poblaciones celulares heterogéneas se ha establecido como un concepto poderoso para estudiar procesos de desarrollo. Aquí realizamos un análisis de PT de 3 cultivos de melanoma a corto plazo con diferentes antecedentes genéticos para estudiar propiedades específicas y concordantes de la dinámica de PT de programas celulares seleccionados que impactan en la progresión del melanoma. En general, en nuestro entorno de células de melanoma, la dinámica de PT hacia una mayor malignidad tumoral parece estar impulsada en gran medida por genes del ciclo celular. Las células individuales de los tres cultivos a corto plazo muestran una expresión bipolar de los factores de transcripción asociados a microftalmia (MITF) y las firmas del receptor tirosina quinasa AXL (AXL). Además, se observan cambios de expresión génica opuestos para genes regulados por mecanismos epigenéticos, lo que sugiere una reprogramación epigenética durante la progresión del melanoma. Los tres cultivos de melanoma a corto plazo muestran temas comunes de dinámica de PT, como una firma estromal en la iniciación, expresión bipolar de la firma MITF/AXL y regulación opuesta de promotores en espera y activados. Se observan diferencias en la etapa tardía de la dinámica de PT con firmas de MITF altas, bajas o intermedias y firmas de AXL anticorrelacionadas. Estos hallazgos pueden ayudar a identificar objetivos para la interferencia en diferentes etapas de la progresión tumoral.