El injerto es una técnica agrícola comúnmente utilizada en plantas de horticultura para mejorar la tolerancia al estrés, aumentar el rendimiento y mejorar la calidad. Sin embargo, los procesos bioquímicos subyacentes a la curación del injerto, especialmente la dinámica temporal y los roles específicos de los metabolitos polifenólicos, siguen siendo en gran medida desconocidos. Los polifenoles, presentes en muchas plantas, poseen diversas actividades biológicas, incluyendo propiedades antioxidantes, antibacterianas y antiinflamatorias. La metabolómica de alta resolución temporal, una herramienta poderosa para estudiar la dinámica de los metabolitos a lo largo del tiempo, ofrece información sobre los cambios metabólicos durante esta fase crítica. Para comprender mejor este proceso, se recolectaron entrenudos por encima y por debajo del sitio de injerto en 12 puntos temporales después del injerto en pimientos no injertados e injertados para análisis del metabolismo de polifenoles. En este estudio, describimos el patrón de acumulación de 432 metabolitos de polifenoles. Al comparar con el grupo de control, se identificaron nueve polifenólicos que respondieron a la curación del injerto. La metabolómica de alta resolución temporal reportada aquí proporciona un recurso básico para futuros estudios funcionales que desentrañen el control genético del desarrollo del injerto en pimientos.