A nivel mundial, la incidencia de enfermedades andrológicas está aumentando cada año y, junto con ello, también el interés en ellas debido a su estrecha asociación con trastornos del sistema reproductivo, incluyendo el deterioro de la fertilidad masculina, alteraciones en la producción de hormonas masculinas y/o la función sexual. La prevención y el diagnóstico temprano de las disfunciones andrológicas han sido durante mucho tiempo descuidados, con el consiguiente aumento en la incidencia y prevalencia de enfermedades que de otro modo son fáciles de prevenir y tratar si se diagnostican a tiempo. En esta revisión, informamos sobre la última evidencia del efecto de las alteraciones andrológicas en el potencial de fertilidad tanto en pacientes jóvenes como adultos, con un enfoque en la relación entre el mecanismo de acción de las gonadotropinas y las mitocondrias. De hecho, las mitocondrias son orgánulos celulares altamente dinámicos que sufren rápidas adaptaciones morfológicas, condicionando una multitud de aspectos, incluyendo su tamaño, forma, número, transporte, distribución celular y, en consecuencia, su función. Dado que el primer paso de la esteroidogénesis tiene lugar en estos orgánulos, consideramos que la dinámica mitocondrial podría tener un posible papel en una plétora de cascadas de señalización, incluyendo la producción de testosterona. Además, también hipotetizamos un papel central del aumento de la fisión mitocondrial en la disminución de la respuesta a la terapia hormonal comúnmente administrada utilizada para tratar enfermedades urológicas en pacientes pediátricos y adolescentes, así como en adultos infértiles.