La sequía es uno de los factores ambientales más peligrosos debido a su grave daño en el crecimiento, desarrollo y productividad de las plantas. Las plantas han evolucionado redes regulatorias complejas y estrategias de resistencia para adaptarse al estrés por sequía. Como una regulación epigenética conservada, la metilación del ADN altera dinámicamente la expresión génica y las interacciones cromosómicas en la respuesta de las plantas a los estreses abióticos. El desarrollo de tecnologías ómicas en genómica, epigenómica y transcriptómica ha llevado a un aumento rápido en la investigación sobre la variación epigenética en especies de cultivos no modelo. En esta revisión, resumimos los hallazgos más recientes sobre los roles de la metilación del ADN bajo estrés por sequía en cultivos, incluyendo enzimas metilantes y desmetilantes, la dinámica global de metilación, la regulación dual de la metilación del ADN en la expresión génica, la vía de metilación del ADN dependiente de ARN (RdDM), eventos de empalme alternativo (AS) y ARN largos no codificantes (lncARNs). También discutimos la memoria de estrés inducida por sequía. Estos hallazgos epigenómicos proporcionan un potencial valioso para desarrollar estrategias que mejoren la tolerancia a la sequía en los cultivos.