Se estudió la composición cualitativa, la abundancia numérica y la distribución estacional del microzooplancton en el Canal de São Sebastião en diferentes períodos estacionales. Se presentan datos de 43 especímenes de protozoos, 4 de rotíferos y 30 de nauplios de copépodos. Los tintínidos representaron el grupo más abundante dentro de la comunidad de microzooplancton, con 31 especies registradas, entre las que se destacaron Amphorellopsis acuta, Codonellopsis morchella, Eutintinnus tenuis, Favella ehrenbergii, Leprotintinnus nodqvisti, Tintinnopsis buetschlil, T. lobiancoi y T. radix, seguidas en abundancia por los nauplios de copépodos. Nuestros hallazgos indicaron que las masas de agua desempeñan un papel fundamental en la composición estacional de las asociaciones de microzooplancton en el Canal de São Sebastião.