Las condiciones ambientales favorecen el predominio de densas poblaciones de cianobacterias en embalses del noreste de Brasil. El objetivo de este estudio fue comprender la dinámica poblacional de cianobacterias en las estaciones lluviosa y seca a dos profundidades en el embalse de Arcoverde. Se recolectaron muestras de microalgas y cianobacterias durante 24 horas con intervalos de 4 horas (nicteméricas) en el subsuelo y a 10 m de profundidad utilizando una botella de Van Dorn y una biomasa determinada. Se obtuvieron variables físicas y químicas y los datos se analizaron mediante análisis de componentes principales (ACP). No se encontraron variaciones nicteméricas en la composición taxonómica ni en la distribución de las poblaciones de cianobacterias entre las diferentes horas del día, ni en la estación lluviosa ni en la seca. En ambas estaciones, la mayor biomasa de la comunidad fitoplanctónica estuvo compuesta por cianobacterias a dos profundidades y en todos los momentos del día. Cylindrospermopsis raciborskii (Woloszynska) Seenayya et Subba Raju fue dominante en todo momento del día, tanto en la superficie como en el fondo. En la época de lluvias, las diferencias en la biomasa de cianobacterias entre la superficie y el fondo fueron menos significativas que en la época seca. Las diferencias en la biomasa de cianobacterias entre la superficie y el fondo fueron menos pronunciadas que las observadas en la época seca. Concluimos que a) las variables físicas explican mejor las alteraciones de las especies en la comunidad fitoplanctónica en un ambiente dominado por cianobacterias durante todo el año; b) los factores climáticos estacionales asociados a los períodos de estratificación y desestratificación son importantes para las alteraciones en la comunidad y las variaciones en la biomasa, y c) la turbidez causada por las lluvias favoreció la emergencia y el establecimiento de otras cianobacterias, especialmente Planktothrix agardhii (Gomont) Anagnostidis & Komárek.