El SARS-CoV-2 ha causado tasas de mortalidad y cargas socioeconómicas significativas al rededor del mundo. La dinámica del virus en Colombia se ha evaluado mediante el modelo SIR basado en casos sintomáticos diarios (enfoque empírico). Sin embargo, este enfoque podría estar sesgado. Por otro lado, el análisis de secuencias genómicas puede brindar información sobre la diversidad genética viral y las fuerzas evolutivas que la modulan, generando información adicional sobre la dinámica del virus a través de un enfoque filodinámico. En este trabajo, evaluamos la dinámica del SARS-CoV-2 en Colombia utilizando métodos de evolución molecular y un enfoque filodinámico. Análisis de evolución molecular mostraron señales de selección positiva y de recombinación en genomas recuperados de Colombia. Por otra parte, los parámetros Ne y Re inferidos del análisis de secuencias coinciden con los datos de la OMS. Además, mientras que el modelo SIR del enfoque empírico mostró una disminución del Re antes de que se implementaran las medidas de control, los análisis SIR filodinámicos mostraron que el Re disminuye después de que implementaron estas medidas. El análisis de datos de secuencia es un complemento de los análisis epidemiológicos tradicionales, y ofrecen una fuente de información alternativa sobre epidemia y la evolución de SARS-CoV-2 en Colombia.