Los períodos hidrológicos determinan la estructura y organización de las comunidades acuáticas en las regiones semiáridas. Nuestra hipótesis es que una disminución de la precipitación durante el período seco favorecerá el desarrollo de la comunidad de algas perifíticas, lo que resultará en una mayor riqueza y densidad en este período. Para probar esta hipótesis, investigamos los cambios en la estructura de la comunidad de algas perifíticas en tres ecosistemas someros y eutróficos del semiárido brasileño. El muestreo se realizó entre 2007 y 2010 a intervalos de dos meses. El muestreo de algas perifíticas se realizó en macrófitas acuáticas y rocas. Las variables abióticas se analizaron simultáneamente. Se observó predominio de diatomeas, cianobacterias y clorofitas, respectivamente, en dos períodos. En el período seco, las aguas fueron alcalinas y presentaron altas concentraciones de nitrato y fósforo total, asociadas con las mayores densidades de Bacillariophyceae. En el período lluvioso, el agua se mantuvo más cálida y oxigenada, y las altas concentraciones de amoníaco y fósforo reactivo soluble, con diatomeas, se mantuvieron dominantes, pero con una densidad reducida, mientras que las cianobacterias y las clorofitas aumentaron. En general, la composición de la comunidad de algas perifíticas no respondió a los cambios en los períodos hidrológicos. Sin embargo, estos alteraron la dinámica de la comunidad de algas perifíticas, respaldada por la alternancia de las clases más representativas (diatomeas y cianobacterias) entre los períodos hidrológicos. Nuestros datos sugieren que las características morfométricas, químicas y físicas de los ecosistemas acuáticos lénticos estudiados fueron más importantes en la dinámica de la comunidad de algas perifíticas que los períodos hidrológicos y los tipos de sustratos.