El tamarillo es un árbol solanáceo que ha sido estudiado extensamente en términos de propagación clonal in vitro, específicamente la embriogénesis somática. En este trabajo, se aplicó un protocolo de embriogénesis somática indirecta para obtener callo embriogénico y no embriogénico a partir de segmentos de hojas. Se utilizó espectroscopia de resonancia magnética nuclear para analizar el metaboloma primario de estos distintos para elucidar posibles mecanismos de diferenciación a partir del fondo genético común. Luego se aplicaron métodos de análisis multivariado estándar, complementados por métodos estadísticos univariados para identificar metabolitos primarios expresados diferencialmente y vías metabólicas relacionadas. Los resultados mostraron que el metabolismo de carbohidratos y lípidos es el más relevante en todos los ensayos, siendo los metabolitos más discriminantes la fructosa, la glucosa y en menor medida la colina. La tasa glucolítica fue mayor en embriogénicos, lo que muestra, en general, una mayor tasa de catabolismo de azúcares y un perfil diferente de fosfolípidos con un análisis de colina/etanolamina. En general, nuestros resultados muestran que ocurre un metaboloma primario distinto entre embriogénicos y no embriogénicos y que los niveles intracelulares de fructosa y sacarosa y la relación glucosa/sacarosa parecen ser buenos candidatos como biomarcadores bioquímicos de competencia embriogénica.