El dimorfismo sexual de los llamados es común en los animales, mientras que los estudios sobre la base molecular que subyace a esta variación fenotípica aún son escasos. En este estudio, utilizamos transcriptómica comparativa de la cóclea para investigar la diferencia relacionada con el sexo en la expresión génica y el empalme alternativo en cuatro taxones. Basándonos en 31 transcriptomas cocleares, realizamos análisis de expresión génica diferencial (DGE) y empalme alternativo (AS) entre los sexos en cada taxón. Consistente con el grado de diferencia en la frecuencia del pulso de ecolocalización entre los sexos a través de los cuatro taxones, identificamos el mayor número de genes expresados diferencialmente (DEGs) y genes empalmados alternativamente (ASGs) en . Sin embargo, también detectamos múltiples DEGs y ASGs en taxones sin diferencias sexuales en la frecuencia del pulso de ecolocalización, lo que sugiere que estos genes podrían estar relacionados con otros parámetros del pulso de ecolocalización más que con el componente de frecuencia. Algunos DEGs y ASGs están relacionados con genes de pérdida auditiva o sordera en humanos o ratones y pueden considerarse candidatos asociados con las diferencias sexuales del pulso de ecolocalización en los murciélagos. También detectamos más de la superposición esperada de DEGs y ASGs en dos taxones. En general, nuestro estudio actual apoya los importantes roles tanto de DGE como de AS en la generación o mantenimiento de diferencias sexuales en los animales.