Se aplicó un enfoque de morfometría geométrica para evaluar las diferencias en los patrones de las alas anteriores de la abeja Jandaira (Melipona subnitida Ducke). Para ello, se estudió la presencia de asimetría fluctuante (AF) en la forma y el tamaño de las alas anteriores de las colonias mantenidas en cajas de colmena racionales o en troncos de árboles naturales. Se detectó una AF significativa para el tamaño y la forma del ala, independientemente del tipo de alojamiento (caja racional o troncos de árboles), lo que indica la presencia general de estrés durante el desarrollo de los especímenes estudiados. La AF también fue significativa (p < 0,01) entre cajas racionales, posiblemente relacionada con el uso de diversos modelos de cajas racionales para la cría de abejas sin aguijón. Además, un análisis de componentes principales indicó variación morfométrica entre colonias de abejas mantenidas en cajas de colmena racionales o en troncos de árboles, que podría estar relacionada con los diferentes orígenes de las abejas: las colonias de troncos de árboles eran colonias naturales reubicadas, mientras que las colonias de cajas racionales se originaron a partir de la multiplicación de otras colonias. Concluimos que se deben tomar medidas adecuadas para reducir el estrés durante la manipulación de las abejas mediante el uso de modelos estándar de cajas racionales que causen la menor perturbación posible.