La raza Merino, que se origina en España, es la raza ganadera más emblemática del mundo, ya que es la primera con una extensión mundial y ha tenido un impacto importante en el origen genético de varias de las principales poblaciones ovinas actuales. Por esta razón, es de vital importancia tipificar las líneas genéticas históricas de la raza Merino española original y así garantizar la conservación de su variabilidad. En el presente estudio, utilizamos 337 animales de pura raza (machos y hembras) registrados en el Libro Genealógico de la Raza Merina Nativa. Todos los animales eran descendientes de rebaños de seis líneas genéticas ancestrales (Maesso, Egea, Granda, López-Montenegro, Hidalgo y Donoso). Se encontraron diferencias significativas en todos los rasgos y índices morfométricos entre las diferentes líneas genéticas. Utilizando análisis discriminante, el 84% de los animales fueron clasificados correctamente en sus líneas genéticas históricas. Además, las distancias entre las líneas, calculadas mediante una prueba de agrupamiento, mostraron que Hidalgo, Maesso y Donoso tenían las líneas más claramente definidas, mientras que las líneas Granda, López-Montenegro y Egea eran más similares entre sí. Todo esto demuestra la rica variabilidad genética existente en el genuino acervo genético de la raza ovina Merino.