La selección o evolución a largo plazo es un factor importante que rige el desarrollo de la resistencia a enfermedades en los cerdos. Para aclarar mejor los mecanismos moleculares subyacentes a los diferentes niveles de resistencia a enfermedades, utilizamos análisis de transcriptómica y proteómica para caracterizar las diferencias en las inmunidades entre seis cerdos resistentes (cerdo Min) y seis cerdos susceptibles (Large White, LW) que fueron criados en el mismo entorno. Se identificaron un total de 135 proteínas y 791 genes como diferencialmente expresados entre los grupos de cerdos Large White y Min. El agrupamiento de expresión de proteínas y el análisis funcional revelaron que las proteínas relacionadas con el proceso del sistema inmunológico, la respuesta inmune humoral, la vía de señalización del receptor de células B, la inmunidad mediada por linfocitos y las respuestas inmunitarias innatas estaban más altamente expresadas en los cerdos Min. Se utilizó el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes del transcriptoma para revelar que las vías de moléculas de adhesión celular y procesamiento y presentación de antígenos están significativamente enriquecidas en los cerdos Min. El análisis integrado de datos de proteómica y transcriptómica identificó 16 genes que se expresan diferencialmente tanto a nivel de ARNm como de proteínas. Además, 13 de estos 16 genes estaban relacionados con los loci de rasgos cuantitativos de enfermedades inmunitarias, incluyendo neural EGFL-like 2 y lactato deshidrogenasa B, que están involucrados en la inmunidad innata. El análisis de correlación entre los genes/proteínas y citoquinas muestra proteínas reguladas al alza en los cerdos LW en asociación con citoquinas inmunosupresoras/pro-inflamatorias, como interleucina (IL) 10, IL6 y factor de necrosis tumoral alfa. Esto fue validado aún más utilizando análisis de monitoreo de reacciones paralelas. En resumen, descubrimos varias vías candidatas potenciales y genes/proteínas clave involucrados en determinar las diferencias en la resistencia a enfermedades entre las dos razas de cerdos estudiadas, lo que podría proporcionar nuevas perspectivas sobre la cría de cerdos para la resistencia a enfermedades.