(Mhyo) es el agente causante de la neumonía enzootica porcina (EP), así como uno de los principales patógenos involucrados en el complejo de enfermedades respiratorias porcinas. La interacción huésped-patógeno entre Mhyo y los cerdos infectados es compleja y no se comprende completamente; sin embargo, mejorar la comprensión de estas complejidades es esencial para el desarrollo de estrategias de control efectivas de la EP. Con el fin de mejorar nuestro conocimiento sobre esta interacción, se utilizó microdisección por láser para recolectar bronquios, tejido linfoide asociado a los bronquios y parénquima pulmonar de animales infectados con diferentes cepas de Mhyo, y se analizaron los niveles de expresión de ARNm de diferentes moléculas involucradas en la infección por Mhyo (ICAM1, IL-8, IL-10, IL-23, IFN-alfa, IFN-, TGF-beta y TNF-alfa) mediante qPCR. Además, también se realizó la cuantificación de la carga de Mhyo en los diferentes compartimentos pulmonares y la puntuación de las lesiones pulmonares macroscópicas y microscópicas. Se observaron diferencias asociadas a cepas en la virulencia, así como la presencia de diferencias significativas en los niveles de expresión de citoquinas entre los compartimentos pulmonares. IL-8 e IL-10 presentaron la mayor regulación al alza, con diferencias limitadas entre cepas y compartimentos pulmonares. IFN-alfa fue fuertemente regulado a la baja en BALT, lo que implica un papel relevante para esta citoquina en la inmunomodulación asociada con las infecciones por Mhyo. IL-23 también se reguló al alza en todos los compartimentos pulmonares, sugiriendo la posible participación de una respuesta inmune mediada por Th17 en las infecciones por Mhyo. Nuestros hallazgos destacan la relevancia de la respuesta inmune Th1 y Th2 en casos de EP, arrojando luz sobre los niveles de expresión génica de citoquinas clave en los pulmones de los cerdos a nivel microscópico.