La salinidad afecta las características morfológicas, fisiológicas y bioquímicas de varias especies de plantas. El estudio actual se llevó a cabo para investigar los potenciales de tolerancia diferencial a la sal entre diez clones de lenteja de agua bajo diferentes condiciones de estrés salino. Se registraron parámetros morfológicos y fisiológicos, incluyendo la longitud de los frondes, el número de frondes, la longitud de las raíces, el número de raíces, Na/K, clorofila, contenidos de prolina y peso de cosecha fresca, para cada uno de los diez clones de lenteja de agua recolectados de diferentes regiones de Arabia Saudita. Además, se monitorearon los patrones de expresión de siete genes relacionados con la sal en un genotipo de lenteja de agua tolerante a la sal. Los resultados muestran que los clones Madinah-2 y Al-Qassim presentaron un mejor rendimiento en todos los parámetros morfológicos y fisiológicos probados en comparación con otros genotipos bajo condiciones de estrés salino. A concentraciones superiores a 150 mM de NaCl, estas características mencionadas se vieron afectadas en todos los genotipos probados, excepto en los clones Madinah-2 y Al-Qassim, ambos de los cuales exhibieron un comportamiento de alta tolerancia bajo condiciones de alta salinidad (200 mM y 250 mM de NaCl). El análisis de componentes principales (PCA) mostró que los primeros cinco componentes principales representaron el 94.8% de la varianza total entre los rasgos estudiados. Los rasgos morfológicos y fisiológicos son las principales porciones del PC1. Además, el análisis del patrón de expresión de los transcritos reveló su regulación positiva en el clon Al-Qassim bajo condiciones de estrés salino, sugiriendo que estos genes juegan un papel en la tolerancia de este clon al estrés inducido por la sal. En general, este estudio indica que el clon Al-Qassim podría ser utilizado en un programa de tratamiento basado en lenteja de agua en agua salobre con una provisión simultánea de biomasa vegetal valiosa.