El riesgo de enfermedades es un problema persistente en la ganadería de bovinos domésticos, mientras que los rasgos económicos son la principal preocupación. Este estudio tuvo como objetivo revelar la base epigenética de las diferencias entre el cebú y el ganado taurino en enfermedades, resistencia a enfermedades y rasgos económicos, y proporcionar una base teórica para la mejora genética del ganado doméstico. En este estudio, se utilizó la secuenciación de bisulfito de genoma completo (WGBS) para analizar la metilación del genoma completo de muestras de bazo e hígado de cebú de Yunnan y ganado Holstein. En el análisis del patrón de metilación a nivel del genoma, se encontró que el patrón de metilación de todas las muestras estaba dominado por el tipo CG, que representaba más del 94.9%. Los niveles de metilación del ADN de diferentes regiones funcionales y elementos transcripcionales en el fondo CG variaron ampliamente. Sin embargo, los niveles de metilación de diferentes muestras en las mismas regiones funcionales o elementos transcripcionales no diferían significativamente. Además, identificamos un gran número de regiones de metilación diferencial (DMR) en ambos grupos de bazo e hígado, de las cuales 4713 y 4663 fueron anotadas a elementos funcionales, y la mayoría de ellas fueron anotadas a las regiones intrónicas y exónicas de los genes. El análisis funcional GO y KEGG de la misma región de metilación diferencial (DMG) en los grupos de bazo e hígado reveló que las vías significativamente enriquecidas estaban involucradas en funciones neurológicas, enfermedades y crecimiento. Como resultado de la localización de DMR, seleccionamos seis genes que eran candidatos específicos de tejido para rasgos económicos, enfermedades y resistencia a enfermedades en el cebú de Yunnan. En este estudio, se utilizó la metilación del ADN para construir enlaces entre genotipos y fenotipos en el ganado doméstico, proporcionando información útil para el posterior cribado de marcadores moleculares epigenéticos en cebú y ganado taurino.