Huanglongbing (HLB) es una de las enfermedades más destructivas que amenazan la citricultura en todo el mundo. Esta enfermedad se ha asociado con especies de alfa-proteobacterias, a saber, Liberibacter. Debido a la naturaleza no cultivable del agente causal, ha sido difícil mitigar la enfermedad, y en la actualidad no hay cura disponible. Los microARN (miARN) son reguladores clave de la expresión génica, desempeñando un papel esencial en el estrés abiótico y biótico en las plantas, incluyendo las respuestas antibacterianas. Sin embargo, el conocimiento derivado de sistemas no modelo, incluyendo el patosistema de Liberibacter asiaticus (Las)-cítricos, sigue siendo en gran medida desconocido. En este estudio, se generaron perfiles de pequeños ARN de plantas de lima mexicana infectadas con Las en etapas asintomáticas y sintomáticas mediante sRNA-Seq, y se obtuvieron miARN con el software ShortStack. Se identificaron un total de 46 miARN, incluyendo 29 miARN conocidos y 17 miARN nuevos, en la lima mexicana. Entre ellos, seis miARN fueron desregulados en la etapa asintomática, destacando la regulación al alza de dos nuevos miARN. Mientras tanto, ocho miARN se expresaron de manera diferencial en la etapa sintomática de la enfermedad. Los genes objetivo de los miARN estaban relacionados con la modificación de proteínas, factores de transcripción y genes que codifican enzimas. Nuestros resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación mediada por miARN en respuesta a la infección por Las. Esta información será útil para comprender los mecanismos moleculares detrás de la defensa y la patogénesis del HLB.