Los cultivos mixtos son uno de los pilares fundamentales de las prácticas agroecológicas. El intercultivo en hilera es una de las opciones de cultivo mixto basada en la combinación de dos o más especies para reducir sus impactos. Sin embargo, desde una perspectiva de monitoreo, la coexistencia de diferentes especies con diferentes características complica algunos procesos, requiriendo una serie de adaptaciones. Este artículo presenta el desarrollo inicial de un procedimiento que diferencia entre garbanzo, lenteja y ervil en un agroecosistema de intercultivo. Las imágenes han sido tomadas con un dron a una altura de 12 y 16 m e incluyen los tres cultivos en la misma fotografía. Se utilizan y combinan el Índice de Vegetación y el Índice de Suelo. Después de generar el índice, se utilizan técnicas de agregación para minimizar los falsos positivos y falsos negativos. Nuestros resultados indican que es posible diferenciar entre los tres cultivos, siendo la diferencia entre el garbanzo y las otras dos especies de leguminosas más clara que la diferencia entre la lenteja y el ervil en imágenes recopiladas a 16 m. La precisión de la metodología propuesta es del 95% para el reconocimiento de garbanzos, del 86% para las lentejas y del 60% para el ervil. Esta metodología puede adaptarse para aplicarse en otras combinaciones de cultivos para mejorar la detección de la vigorosidad anormal de las plantas en agroecosistemas de intercultivo.