Como especie económica clave, la cría de nuevas cepas de abulón se ha llevado a cabo en diversas regiones para abordar la degradación de los recursos genéticos causada por la rápida expansión de la industria. El abulón crece lentamente y debe ser cultivado durante varios años para alcanzar estándares comercializables; por lo tanto, la lenta tasa de crecimiento es un factor importante que obstaculiza la rápida expansión de la industria de acuicultura de abulón. El abulón híbrido de tres vías demostró una notable diversidad en los rasgos de crecimiento a lo largo de la población con diferenciación genética, ofreciendo un modelo para explorar los mecanismos moleculares del crecimiento del abulón. En este estudio, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico y un transcriptoma con el objetivo de identificar rasgos relacionados con el crecimiento en un abulón híbrido de tres vías. Se identificaron diez genes candidatos asociados con la gran diferenciación de crecimiento en el abulón híbrido de tres vías. Los resultados de nuestros hallazgos no solo mejorarán nuestro conocimiento de los mecanismos genéticos de los rasgos de crecimiento en el abulón, sino que también proporcionarán polimorfismos de un solo nucleótido útiles para la selección asistida por marcadores moleculares y la propagación del abulón.