Se llevó a cabo un ensayo de alimentación de nueve semanas para investigar los cambios en la microbiota intestinal del rodaballo en respuesta a la alimentación alterna entre dietas basadas en aceite de origen terrestre (TSO) y aceite de pescado (FO). Se diseñaron las siguientes tres estrategias de alimentación: (1) alimentación continua con la dieta basada en FO (grupo FO); (2) alimentación alterna semanal entre dietas basadas en aceite de soja (SO) y FO (grupo SO/FO); y (3) alimentación alterna semanal entre dietas basadas en sebo de res (BT) y FO (grupo BT/FO). Un análisis de la comunidad bacteriana intestinal mostró que la alimentación alterna remodeló la composición microbiana intestinal. Se observaron mayores riquezas y diversidad de especies en la microbiota intestinal en los grupos de alimentación alterna. Un análisis de PCoA mostró que las muestras se agruparon por separado según la estrategia de alimentación, y entre los tres grupos, el grupo SO/FO se agrupó relativamente más cerca del grupo BT/FO. La alimentación alterna disminuyó significativamente la abundancia y enriqueció selectivamente microorganismos específicos, incluyendo bacterias productoras de ácidos grasos de cadena corta (SCFA), bacterias digestivas y varios patógenos potenciales. La alimentación alterna puede mantener el equilibrio de la microbiota intestinal al mejorar la conectividad de la red ecológica y aumentar las interacciones competitivas dentro de la red ecológica. La alimentación alterna aumentó significativamente las vías de KEGG del metabolismo de ácidos grasos y lípidos, la biosíntesis de glicanos y el metabolismo de aminoácidos en la microbiota intestinal. Mientras tanto, la regulación al alza de la vía de KEGG de biosíntesis de lipopolisacáridos indica un riesgo potencial para la salud intestinal. En conclusión, la alimentación alterna a corto plazo entre fuentes lipídicas dietéticas remodela la microecología intestinal del rodaballo juvenil, lo que posiblemente resulta en efectos tanto positivos como negativos.