Este estudio se llevó a cabo para investigar los efectos de la dieta y la suplementación en la proliferación de células madre intestinales, la inmunidad y la microbiota ileal de pollos de engorde desafiados por coccidios. Un total de 336 pollos Ross 308 de un día de edad fueron asignados aleatoriamente a cuatro grupos. Los pollos en el grupo de control (CTR) recibieron una dieta basal, y los pollos en los tres grupos desafiados recibieron dietas basales suplementadas con nada (grupo CCP), 1.0 x 10 CFU/kg (grupo LF_CCP) y 1.0 x 10 CFU/kg (grupo LP_CCP), respectivamente. Todos los aves desafiadas fueron infectadas con coccidios en el día 9 y durante los días 13-18. Se recolectaron muestras de suero e intestinales en los días 13 y 19. Los resultados mostraron que la expresión génica en el yeyuno de (uno de los genes marcadores de células madre intestinales) aumentó significativamente en el día 13. Además, los niveles de ARNm de y se regulaban significativamente al alza y tendían a aumentar la expresión de ARNm en el yeyuno en el día 19. En las amígdalas cecales, tanto como disminuyeron la expresión de ARNm de en el día 13, y se regulaban a la baja las expresiones génicas de , y en el día 19. El análisis microbiológico ileal mostró que la infección por coccidios aumentó la abundancia de -, , y y disminuyó la riqueza en el día 13, lo cual fue revertido por la intervención. Además, aumentó la riqueza ileal en el día 19. En conclusión, se alivió el deterioro de la proliferación de células madre intestinales y la inmunidad en aves desafiadas por coccidios y mediante la modulación de la señalización JAK/STAT y la reestructuración de la microflora intestinal.