La microbiota salival, que comprende bacterias desprendidas de las superficies orales, ha demostrado ser individualizada, temporalmente estable e influenciada por la ingesta de macronutrientes y el estilo de vida. Sin embargo, el efecto de los patrones dietéticos a largo plazo sobre la composición de la microbiota oral y la relación entre la composición de la microbiota oral y la tasa metabólica aún debe ser examinado. En este estudio, se analizaron la composición de la microbiota salival y el perfil metabólico en sujetos humanos con patrones dietéticos a largo plazo veganos (VEG) o mediterráneos (MED). Los sujetos MED presentaron porcentajes y especies significativamente más altos en comparación con los sujetos VEG. Además, los sujetos MED mostraron un menor consumo de carbohidratos y un mayor consumo de lípidos que los sujetos VEG, y, en consecuencia, una tasa metabólica basal (TMB) significativamente más alta y un menor cociente respiratorio (CR). Se demostró que la abundancia estaba inversamente relacionada con el CR y el consumo de carbohidratos, mientras que los porcentajes se demostraron estar correlacionados positivamente con la TMB. La abundancia, que estaba inversamente relacionada con la presencia en sujetos MED, se asoció con valores de TMB (Harris-Benedict) disminuidos. En general, nuestros datos evidencian la influencia de la ingesta de macronutrientes en el perfil metabólico y la microbiota oral y confirman los efectos positivos de la dieta mediterránea sobre la TMB y sobre la abundancia de especies microbianas asociadas con un mejor metabolismo de macronutrientes.