Los granos destilados fermentados (FDG) se utilizan comúnmente para mejorar la salud y los procesos metabólicos del ganado y las aves de corral al regular la composición y actividad de la microbiota intestinal. Sin embargo, hay escasez de investigaciones sobre los efectos de la dieta FDG en la microbiota gastrointestinal y sus metabolitos en el ganado. Este estudio examina el impacto de los suplementos dietéticos de FDG en la flora gastrointestinal y el perfil metabólico del ganado Guanling. Dieciocho bovinos fueron asignados aleatoriamente a tres grupos de tratamiento con seis réplicas por grupo. Los tratamientos incluyeron una dieta basal (BD), un 15% de concentrado reemplazado por FDG (15% FDG) en la dieta basal, y un 30% de concentrado reemplazado por FDG (30% FDG) en la dieta basal. Cada grupo fue alimentado durante un período de 60 días. Al concluir el período experimental, se eligieron aleatoriamente tres bovinos de cada grupo para el sacrificio y se analizó la estructura de la comunidad microbiana y el mapeo metabólico de sus contenidos abomasales y cecales, utilizando secuenciación de 16S rDNA y tecnología LC-MS, respectivamente. A nivel de filo, hubo un aumento significativo de Bacteroidetes tanto en el abomaso como en el ciego para el grupo 30%FDG (< 0.05). Además, hubo una reducción significativa en bacterias potencialmente patógenas como Spirochetes y Proteobacteria para ambos grupos 15%FDG y 30%FDG (< 0.05). A nivel de género, hubo un aumento significativo (< 0.05) en las bacterias de degradación de fibra Ruminococcaceae_UCG-010, Prevotellaceae_UCG-001 y Ruminococcaceae_UCG-005. El análisis de metabolómica no dirigida indicó que la dieta FDG impactó significativamente la biosíntesis de ácidos biliares primarios, la secreción de bilis, el metabolismo de la colina en el cáncer y otras vías metabólicas (< 0.05). Hay una correlación notable entre los diversos géneros bacterianos y metabolitos encontrados en los contenidos abomasales y cecales del ganado Guanling, como lo demuestra el análisis de correlación. En conclusión, nuestros hallazgos sugieren que la sustitución parcial de FDG por alimento convencional conduce a efectos beneficiosos tanto en la estructura de la comunidad microbiana gastrointestinal como en el metabolismo de sus contenidos en el ganado Guanling. Estos hallazgos ofrecen un punto de referencia científico para el uso futuro de FDG como recurso alimenticio para el ganado.