La rara migración hacia el norte de elefantes asiáticos salvajes en Xishuangbanna, China, ha atraído la atención global. La migración de elefantes es un proceso ecológico complejo, y los factores que impulsan esta migración de larga distancia siguen siendo elusivos. En este estudio, se recolectaron muestras fecales frescas de elefantes asiáticos tanto en cautiverio como salvajes, junto con terneros amamantados que residen en el Valle de Elefantes Salvajes de Xishuangbanna. Nuestro objetivo era investigar la relación entre la dieta, el microbiota intestinal y los patrones de migración en los elefantes asiáticos a través de análisis de secuenciación metagenómica exhaustiva. Entre el grupo de elefantes asiáticos amamantados, Bacteroidales emergió como el taxón bacteriano dominante, mientras que las principales enzimas activas de carbohidratos (CAZymes) enriquecidas en este grupo fueron GH2, GH20, GH92, GH97, GH38, GH23 y GH43, alineándose con su fuente dietética, es decir, la leche materna. Los taxones bacterianos enriquecidos en elefantes asiáticos en cautiverio (CAEs) fueron principalmente , , y , y las enzimas degradadoras de lignocelulosa enriquecidas incluyeron principalmente GH25, GH10, GH9 y celulasa (EC 3.2.1.4). Estos hallazgos son consistentes con la dieta alta en fibra de los elefantes en cautiverio. En contraste, los principales taxones bacterianos enriquecidos en elefantes asiáticos salvajes (WAEs) fueron y , y los CAZymes enriquecidos incluyeron GH109, GH20, GH33, GH28, GH106 y GH39. La abundancia de bacterias degradadoras de lignocelulosa y el contenido de CAZyme fueron bajos en WAEs, lo que indica desafíos en el procesamiento de alimentos altos en fibra y explica la dieta baja en fibra en este grupo. Estos hallazgos sugieren que las manadas de elefantes salvajes migran en busca de fuentes de alimento nutricionalmente adecuadas y bajas en fibra.