Las diatomeas epipsámicas tienen importantes implicaciones para los procesos ecosistémicos en ambientes lóticos. La mayoría de los estudios sobre diatomeas bentónicas se centran en las diatomeas epilíticas, y se conoce muy poco sobre ellas. El objetivo de este estudio fue evaluar las comunidades de diatomeas epipsámicas en arroyos en relación con las condiciones ambientales. Se realizaron muestreos de diatomeas epipsámicas y de la calidad del agua en siete sitios durante el período de caudal base de verano (2008). Se utilizaron la regresión múltiple progresiva y el análisis de correspondencia canónica (ACC) para determinar los gradientes ambientales a lo largo de los cuales las especies varían con las variables físicas y químicas. Se registró un total de 112 especies de diatomeas distribuidas en 44 géneros. La altitud y el proceso de eutrofización desempeñaron un papel importante en la estructuración de las comunidades de diatomeas en la región de estudio.