El vehículo autónomo submarino (AUV) es una de las herramientas de exploración más importantes en el entorno submarino del océano, cuyo movimiento se realiza mediante los propulsores submarinos; sin embargo, las fallas en los propulsores ocurren con frecuencia en la práctica de ingeniería. Las perturbaciones de las corrientes oceánicas podrían producir ruido para el diagnóstico de fallas en los propulsores. Con el fin de resolver el diagnóstico de fallas en los propulsores, se propone un algoritmo de C-means difuso posibilista (PFCM) para realizar la clasificación de fallas en este documento. Sobre la base de los resultados del diagnóstico de fallas, se propone una estrategia de control difuso para resolver el control tolerante a fallas para el AUV. Considerando la incertidumbre de las corrientes oceánicas, se propone un problema de optimización robusta min-max para optimizar el controlador difuso, que se resuelve mediante un algoritmo de optimización por enjambre de partículas cooperativo (CPSO). Se utilizan simulaciones y experimentos submarinos para verificar la precisión y viabilidad del método propuesto para el diagnóstico de fallas en los propulsores y el control tolerante a fallas.