La dermatitis digital ovina contagiosa (CODD) y la pododermatitis (FR), una enfermedad infecciosa necrotizante (en descomposición) subaguda o aguda que afecta el casco y los tejidos subyacentes, representan desafíos económicos para los rebaños en España y en todo el mundo. El agente etiológico de FR es , mientras que CODD es causada por grupos filogenéticos patógenos. Detallamos los hallazgos derivados del análisis por qPCR de 105 muestras agrupadas de 100 rebaños ovinos y cinco caprinos en España y Portugal, junto con 15 muestras de rebaños sanos con el fin de identificar , , spp., y tres grupos filogenéticos patógenos (, , y ). spp. fueron detectadas en todos los 120 grupos, incluyendo muestras de los 15 rebaños sanos donde solo se registró un resultado positivo para . Se identificaron infecciones mixtas por agentes diferentes de spp. en el 68.57% de las muestras. Se obtuvieron resultados positivos para y/o , en el 91.4% de los grupos, mientras que la presencia de los tres grupos filogenéticos patógenos fue rara: cada uno de ellos apareció de forma aislada en un solo grupo, mientras que se encontraron en 18 grupos en combinación con otros agentes. Mientras que fue el único hallazgo en el 16.2% de las muestras de rebaños afectados, (el agente causante de la pododermatitis) solo fue detectado en el 61% de las granjas afectadas. Se implementó un protocolo de qPCR mejorado para determinar los serogrupos de en las muestras y se encontraron todos ellos (excepto el serogrupo G), a menudo en infecciones combinadas (35.1%). Este informe concluye con propuestas integrales para diagnosticar, prevenir y tratar enfermedades del casco, destacando el interés de la información sobre serogrupos para mejorar la eficiencia de la inmunización al elegir protocolos de vacunación apropiados.