La evaluación de los fenómenos diagenéticos óseos en escalas de tiempo arqueológicas tiene una larga historia; sin embargo, se sabe poco sobre los orígenes de los microbios que impulsan la diagenesis ósea, ni sobre la extensión de la diagenesis ósea en períodos cortos, como en contextos forenses. Anteriormente, el análisis de proteínas no colágenas (NCPs) a través de proteómica de abajo hacia arriba reveló la presencia de biomarcadores potenciales útiles para estimar el intervalo post-mortem (PMI). Sin embargo, todavía hay una gran necesidad de mejorar la comprensión de los procesos diagenéticos que tienen lugar en marcos temporales forenses y de aclarar si los análisis proteómicos pueden ayudar a desarrollar mejores modelos para estimar el PMI de manera confiable. Para abordar estas lagunas de conocimiento, diseñamos un experimento basado en cadáveres de ratas enteras, huesos largos de ratas desprovistos de carne y extremidades de ratas extirpadas pero aún con carne, que fueron enterrados en suelo o expuestos en una superficie plástica limpia, dejados descomponerse durante 28 semanas y recuperados en diferentes intervalos de tiempo. Este estudio tuvo como objetivo evaluar las diferencias en las abundancias relativas de proteínas óseas para las diversas modalidades de deposición e intervalos. Además, evaluamos los efectos que los factores extrínsecos, la autólisis y las bacterias del intestino y del suelo tuvieron en la diagenesis ósea a través de proteómica de abajo hacia arriba. Los resultados mostraron seis proteínas cuya abundancia era significativamente diferente entre muestras sometidas a descomposición microbiana (bacterias del intestino o del suelo) o a factores ambientales. En particular, se encontró que las proteínas de unión a músculo y calcio eran más propensas a la degradación por ataque bacteriano, mientras que las proteínas plasmáticas y de médula ósea eran más susceptibles a la exposición a agentes extrínsecos. Nuestros resultados sugieren que tanto las bacterias del intestino como las del suelo juegan papeles clave en la diagenesis ósea y la descomposición de proteínas en escalas de tiempo relativamente cortas, y que la proteómica ósea es un recurso competente para identificar la diagenesis impulsada microbianamente frente a la impulsada extrínsecamente.