Como especie económica clave en China, la cría de nuevas cepas de cangrejo de río chino se ha llevado a cabo en diversas regiones para abordar la degradación de los recursos genéticos causada por la rápida expansión de la industria. El espacio limitado en los estanques a menudo resultó en que diferentes familias se criaran juntas, complicando la preservación de líneas familiares distintas. Los marcadores de microsatélites se utilizan ampliamente para evaluar la diversidad genética y asignar la paternidad, pero pueden ser costosos de desarrollar y aplicar. Los avances en la tecnología de secuenciación de alto rendimiento han hecho que estos marcadores sean más accesibles, mientras que la PCR multiplex puede reducir significativamente los costos. En este estudio, se desarrollaron 100 marcadores SSR altamente polimórficos a partir del transcriptoma, se construyeron cuatro paneles de PCR multiplex y se creó un método de asignación de paternidad. Los resultados demostraron que el 100% de la descendencia fue asignada con precisión a sus padres en seis familias de cangrejos cuando se utilizaron tres o cuatro paneles. Este método proporciona una solución eficiente y rentable para la cría y gestión familiar, promoviendo el desarrollo sostenible de la industria.