La fiebre de Lassa es una enfermedad hemorrágica viral responsable de miles de muertes humanas en África Occidental cada año. Se sabe que los roedores son reservorios naturales del Lassa mammarenavirus (LASV) causante, mientras que los humanos son considerados huéspedes incidentales. El análisis de secuencias genéticas sigue sumando a nuestra comprensión de la historia evolutiva, los patrones de emergencia y la epidemiología del LASV. Hasta ahora, la fuente de datos en tales investigaciones ha consistido principalmente en muestras clínicas humanas. Actualmente, un aumento en la cantidad de cepas virales accesibles a través de estudios ecológicos en los últimos 15 años nos permite explorar cómo las secuencias de LASV obtenidas de roedores podrían afectar los patrones filogenéticos. En este estudio, comparamos filogenéticamente las secuencias de LASV obtenidas de roedores y humanos en África Occidental, incluyendo aquellas de dos localidades altamente endémicas de la enfermedad: Ekpoma en Nigeria y Kenema en Sierra Leona. Realizamos una filogenia calibrada en el tiempo, utilizando un análisis bayesiano en 198 taxones, incluyendo 102 secuencias de roedores y 96 de humanos. Contrario a lo esperado, nuestros resultados muestran que las cepas de LASV detectadas en humanos dentro de estas localidades, incluso aquellas muestreadas recientemente, son consistentemente más antiguas que las que circulan en roedores en la misma área. Discutimos las posibilidades conectadas a este resultado preliminar. También proponemos modalidades para guiar comparaciones más completas de datos humanos y de roedores en estudios epidemiológicos moleculares del LASV.