El comercio ilegal de vida silvestre es una amenaza significativa para la biodiversidad global, a menudo dirigido a especies ya amenazadas. En la lucha contra este comercio, es fundamental conocer la procedencia del animal o parte comercializada para facilitar acciones de conservación específicas, como la educación y la aplicación de la ley. Aquí, presentamos y comparamos dos métodos, la fluorescencia de rayos X portátil (pXRF) y el análisis de isótopos estables (SIA), para determinar tanto la procedencia geográfica como la fuente (en cautiverio o salvaje) de los animales y sus partes comercializadas. Utilizando tres especies filipinas en peligro crítico de extinción, frecuentemente comercializadas ilegalmente, la tortuga de bosque de Palawan, el cacatúa filipino y el pangolín filipino, demostramos que utilizando estos métodos, podemos asignar la procedencia de manera más precisa utilizando datos de pXRF ( = 83%) que datos de SIA ( = 47%). Nuestros resultados indican que estos métodos proporcionan una herramienta forense valiosa que puede ser utilizada en la lucha contra el comercio ilegal de vida silvestre.