Unión del Tat del VIH-1 al bromodominio de PCAF: determinantes estructurales a partir de métodos computacionales
Autores: Quy, Vo Cam; Pantano, Sergio; Rossetti, Giulia; Giacca, Mauro; Carloni, Paolo
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2012
Acceso abierto
Artículo científico
2012
Unión del Tat del VIH-1 al bromodominio de PCAF: determinantes estructurales a partir de métodos computacionales
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Hiv-1
Tat
Pcaf
Acetilación
Acoplamiento proteína-proteína
Determinantes estructurales
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
La unión entre el activador de transcripción del VIH-1 (Tat) y el factor asociado a p300/(proteína de unión a CREB) (PCAF) es un paso crucial en el ciclo de vida del VIH-1. Sin embargo, la estructura del Tat acetilado de longitud completa unido a PCAF aún no se ha determinado experimentalmente. La acetilación de los residuos de Tat puede desempeñar un papel crítico en la mejora de la activación transcripcional del VIH-1. Aquí, hemos combinado un enfoque de acoplamiento proteína-proteína completamente flexible con simulaciones de dinámica molecular para predecir los determinantes estructurales del complejo para la variante común del VIH-1. Este modelo reproduce todos los contactos cruciales entre el péptido Tat SYGR(AcK)KRRQRC y el bromodominio de PCAF reportados previamente por espectroscopia de RMN. Además, la inclusión de toda la proteína Tat resulta en puntos de contacto adicionales en la interfaz proteína-proteína. El modelo es consistente con los datos experimentales disponibles y añade información novedosa a nuestras predicciones estructurales anteriores del bromodominio de PCAF en complejo con la variante rara del VIH, que se obtuvo con un método computacional menos preciso. Esta caracterización mejorada de la unión Tat.PCAF del bromodominio puede ayudar a definir los determinantes estructurales de otras interacciones proteicas que involucran la acetilación de lisina.
Descripción
La unión entre el activador de transcripción del VIH-1 (Tat) y el factor asociado a p300/(proteína de unión a CREB) (PCAF) es un paso crucial en el ciclo de vida del VIH-1. Sin embargo, la estructura del Tat acetilado de longitud completa unido a PCAF aún no se ha determinado experimentalmente. La acetilación de los residuos de Tat puede desempeñar un papel crítico en la mejora de la activación transcripcional del VIH-1. Aquí, hemos combinado un enfoque de acoplamiento proteína-proteína completamente flexible con simulaciones de dinámica molecular para predecir los determinantes estructurales del complejo para la variante común del VIH-1. Este modelo reproduce todos los contactos cruciales entre el péptido Tat SYGR(AcK)KRRQRC y el bromodominio de PCAF reportados previamente por espectroscopia de RMN. Además, la inclusión de toda la proteína Tat resulta en puntos de contacto adicionales en la interfaz proteína-proteína. El modelo es consistente con los datos experimentales disponibles y añade información novedosa a nuestras predicciones estructurales anteriores del bromodominio de PCAF en complejo con la variante rara del VIH, que se obtuvo con un método computacional menos preciso. Esta caracterización mejorada de la unión Tat.PCAF del bromodominio puede ayudar a definir los determinantes estructurales de otras interacciones proteicas que involucran la acetilación de lisina.