El análisis biométrico permite la determinación del sexo de la mayoría de los vertebrados, particularmente de las aves. Las aves de presa, y, especialmente, el águila de Bonelli, muestran dimorfismo sexual inverso (es decir, las hembras suelen ser más grandes que los machos). A diferencia de la toma de muestras de sangre, el uso de morfometría permite la determinación del sexo mediante un método no invasivo y, por lo tanto, facilita el trabajo de campo. Mediante un análisis discriminante lineal de variables biométricas, obtuvimos diferentes ecuaciones que permiten la determinación del sexo de los polluelos y de los águilas de Bonelli adultas. Muestreamos 137 águilas de Bonelli, 82 polluelos y 55 adultos en el este de España durante el período 2015-2022. Los sexos obtenidos tras el análisis discriminante lineal se compararon con su determinación molecular. El procedimiento de validación de las ecuaciones discriminantes lineales facilitó la reducción del número de variables utilizadas y, en consecuencia, optimizó el tiempo de trabajo y la precisión en la determinación del sexo. Tras la validación, algunas ecuaciones mostraron una eficiencia del 100% en la determinación del sexo de las águilas de Bonelli, particularmente en adultos. Nuestros resultados mostraron que las variables con menor superposición entre los sexos fueron la longitud del tarso lateral y la longitud del tarso dorso-ventral, particularmente en polluelos. El resto de las variables mostraron cierta superposición entre los sexos en ambas clases de edad. Los resultados que obtuvimos permiten la determinación del sexo de las águilas de Bonelli juveniles y adultas en el campo utilizando solo estas dos medidas. Por lo tanto, este es un método fácil, preciso, rápido y no invasivo con múltiples aplicaciones, incluyendo en estudios sobre dinámica poblacional, análisis de supervivencia o evaluaciones de riesgo de extinción, que, en última instancia, podrían contribuir a mejorar el estado de conservación de esta especie en peligro.