La información demográfica sobre las especies amenazadas es importante para planificar acciones de conservación. Debido a su estilo de vida acuático, la sutil naturaleza del dimorfismo sexual en los hipopótamos y su presencia en áreas inaccesibles, es difícil determinar visualmente las edades y sexos de los hipopótamos. Anteriormente, se han medido las longitudes corporales de los hipopótamos a partir de imágenes de drones y se han utilizado para estimar la edad. Sin embargo, debido a la tendencia de los hipopótamos a estar parcialmente sumergidos, a menudo es difícil obtener las medidas requeridas. Utilizamos la técnica novedosa de imputación múltiple para estimar las medidas corporales faltantes. Además, exploramos si se podían diferenciar los hipopótamos machos y hembras en imágenes de drones basándonos en las proporciones corporales, examinando también los índices de condición corporal y cómo estos variaban estacionalmente. La imputación múltiple aumentó el número de hipopótamos que envejecimos por tres, y las longitudes corporales que obtuvimos se encontraban dentro del rango proporcionado en la literatura, apoyando su validez. Proporcionamos uno de los primeros desglose de la estructura de edad de una población de hipopótamos que no proviene de hipopótamos sacrificados. Teniendo en cuenta el tamaño general, los machos tenían cuellos y hocicos más anchos que las hembras. La condición corporal de los hipopótamos variaba estacionalmente, indicando respuestas a los recursos y la reproducción. Proporcionamos una nueva técnica y demostramos la utilidad de los drones para determinar las estructuras de edad y sexo de las poblaciones de hipopótamos.